Το παρεκκλήσι του São Pedro de Canaferrim, εντός των τειχών του κάστρου, αποτελεί τον πιο απτό συνδετικό κρίκο με τη χριστιανική κατοχή μετά το 1147. Χτισμένο το δεύτερο μισό του 12ου αιώνα, λειτούργησε ως ο πρώτος ενοριακός ναός της Σίντρας έως ότου ο πληθυσμός μετακινήθηκε προς τα κάτω, στους πρόποδες του λόφου, κατά τον ύστερο Μεσαίωνα. Σήμερα, το παρεκκλήσι στεγάζει ένα μικρό κέντρο ερμηνείας με ευρήματα από τις αρχαιολογικές ανασκαφές του PSML τις δεκαετίες του 2000 και του 2010, συμπεριλαμβανομένης ισλαμικής περιόδου κεραμικής και ενός μερικώς ανακατασκευασμένου σιλού. Η διαδρομή από την κεντρική πύλη έως το παρεκκλήσι είναι σύντομη και σε ομαλό δάπεδο — είναι ένα από τα ελάχιστα σημεία του κάστρου προσβάσιμα σε επισκέπτες που δεν μπορούν να ανέβουν τα τείχη με τους προμαχώνες.
Μετά την ύστερη μεσαιωνική περίοδο, ο στρατιωτικός ρόλος του κάστρου υποχώρησε. Ήδη από τον 15ο αιώνα, το χωριό εντός των τειχών είχε εγκαταλειφθεί, η εβραϊκή κοινότητα που ζούσε σε τμήμα του περιβόλου είχε μετεγκατασταθεί και το παρεκκλήσι χρησιμοποιούνταν μόνο σποραδικά. Ο σεισμός της Λισαβόνας το 1755 —που έγινε ιδιαίτερα αισθητός σε όλη την οροσειρά της Serra— προκάλεσε περαιτέρω ζημιές στα τείχη. Όταν ο Ferdinand II αγόρασε το κτήμα τη δεκαετία του 1830, το κάστρο ήταν ένα καταπράσινο ερείπιο που χρησιμοποιούσαν κυρίως βοσκοί. Η ρομαντική αποκατάσταση που έδωσε τη μορφή που βλέπουν σήμερα οι επισκέπτες ήταν έργο του 19ου αιώνα, επιστρωμένο πάνω σε τείχη του 12ου αιώνα, τα οποία με τη σειρά τους πατούσαν σε θεμέλια του 9ου αιώνα.