Часовня Сан-Педру-де-Канаферрим, расположенная в стенах замка, — самый ощутимый из сохранившихся следов христианской оккупации после 1147 года. Построенная во второй половине XII века, она служила первой приходской церковью Синтры, пока в позднем Средневековье центр населения не сместился вниз по склону. Сегодня в часовне размещается небольшой интерпретационный центр с находками археологических кампаний PSML 2000-х и 2010-х годов, включая керамику исламского периода и частично реконструированный зерновой силос. Путь от главных ворот до часовни короткий и проходит по ровной мостовой — это одна из немногих частей замка, доступных посетителям, которые не могут подняться на крепостные стены.
После позднего Средневековья военная роль замка сошла на нет. К XV веку деревня внутри стен была заброшена, еврейская община, жившая на части территории, переселилась, а часовня использовалась лишь изредка. Лиссабонское землетрясение 1755 года, сильно ощущавшееся на Серре, нанесло стенам дальнейший ущерб. К тому времени, когда Фердинанд II приобрёл эту собственность в 1830-х годах, замок представлял собой заросший руины, служивший в основном пристанищем пастухов. Романтическая реставрация, создавшая тот облик, который посетители видят сегодня, — это работа XIX века, наложенная на стены XII века, которые, в свою очередь, покоятся на фундаментах IX века.